Die Atmungskette bildet den Abschluß der biochemischen Energiegewinnung. In diesem Prozeß werden die bei der Glycolyse und dem Citrat-Zyklus reduzierten Coenzyme NADH und FADH2 wieder oxidiert. Aus 1 Mol NADH entstehen 3 Mol ATP. Als Oxidationsmittel dient letztlich Sauerstoff. Die Energie wird als ATP, also in einer biochemisch verwertbaren Form gewonnen. Aus einem Mol Glucose entstehen 36-38 Mol ATP. 2 Mol ATP werden bei der Glycolyse gewonnen, 2 Mol im Citrat-Zyklus. Die übrigen 32/34 Mol entstehen erst in der Atmungskette (das Ganze natürlich nur bei der aeroben Energiegewinnung, also in Anwesenheit von Sauerstoff).
Bei Eukaryoten (Zellen mit Kern und Zellmembran) findet sie in den Mitochondrien in der inneren Mitochondrienmembran und bei Prokaryoten in der Zellmembran statt. Es findet dabei die Oxidation von Wasserstoff zu Wasser statt (Knallgasreaktion).